La sede Atotonilco el Alto, del Centro Universitario de la Ciénega, inició funciones en septiembre de 1991, aun sin infraestructura propia, iniciando a brindar sus servicios en edificios prestados de la Escuela Preparatoria Regional de Atotonilco “Margarito Ramírez Miranda”.
Como en ese tiempo no existía la Red Universitaria en Jalisco, el módulo de Atotonilco dependía de la entonces Facultad de Ciencias Económico-Administrativas de Lagos de Moreno.
Posteriormente, con la creación del Centro Universitario de la Ciénega y debido a la mayor cercanía de Atotonilco el Alto con las ciudades de Ocotlán y La Barca, que, con Lagos de Moreno, el módulo fue adscrito a dicho centro a partir de 1994 en que se consolidó la Red Universitaria.